В счетной палате определили и озвучили ряд проблем. Финансисты пришли к выводу, что при разработке Генплана в министерстве архитектуры отсутствовал системный подход во время установления начальной цены закупки. Как объяснили в Минархе первоначальная цена тендера составляла 78 млн рублей и соответствовала бюджетным лимитам. При этом на конкурс заявился один подрядчик, с ним и заключили контракт на разработку Генплана. Помимо этого вопросы у Счетной палаты возникли к контролю, который должен был осуществлять Минарх во время доработки документа и исправления недочетов, на который указали федералы. Контроль посчитали недостаточным.
В Минархе отметили: дело якобы в том, что разработка документа состояла из нескольких этапов. Якобы замечания федеральных органов учли на третьем. По заверению министерства, на сегодняшний день Генплан Оренбурга прошел все согласования. Стоит отметить, документ вызвал шквал критики горожан. Публичные слушания проходили со скандалами и претензиями от местных жителей.